神宫寺内有一个应该只在神社出现的“注连绳”。参拜时人们还会按照神社的规矩拍两次“柏手”。这是为什么呢？顾名思义，“神宫寺”是一个神社和寺庙融合为一体的地方。在正殿内一起供奉着，代表寺庙的药师如来像和代表神社的神棚。在古时候，日本只有神社，佛教是后来才从中国传入的。首都中央政府决定引入佛教的同时，将全国各地的寺庙与神社融合在一起创造了一种称为“神佛习合”的信仰。神宫寺内保留的就是这样一个变革期的信仰。
正殿旁有一处不断涌出圣水。神圣的祭祀活动“送水”就是使用这里的水进行的。取一些圣水，进行舔红土、护摩坛点火等仪式之后运到鹈瀬，将圣水倒入鹈瀬的河里。河的边缘有一条通往奈良的地下水道，最终将到达东大寺的一个名为“若狭井”的井里涌出的。在接到这个“送水”的圣水之后，在东大寺举行“取水”仪式。持续了1300年的这个仪式，是为了保佑国家免受灾难，祈盼五谷丰登的重要祭祀活动。
那么，为什么要用若狭的水呢？这里有这样的一个神话。东大寺的大佛建成后举行了一次会议，届时来自全国各地的神明都将聚集在一起。然而，远敷明神因为钓鱼却迟到了一会儿。他不是有意迟到的，作为食物之神，钓鱼不是一种爱好而是必须做的工作。当远敷明神到达东大寺时，会议已经开始，但被当时庄严的氛围所感动的他答应不仅会送鱼还会一起把水送过来。这时，一只鸬鹚突然出现，打碎了一块岩石。圣水立刻喷涌而出。
据说，向东大寺送水的仪式就是这样开始的。当时正值建造东大寺，因此执政者决定以佛教为中轴统一全日本。为了实现这个目标，必须将传统的神明与新佛融合在一起。变革期的神宫寺，也许正处于这个政策的最前沿。