神宮寺內有一個應該只在神社出現的“注連繩”。參拜時人們還會按照神社的規矩拍兩次“柏手”。這是為什麼呢？顧名思義，“神宮寺”是一個神社和寺廟融合為一體的地方。在正殿內一起供奉著，代表寺廟的藥師如來像和代表神社的神棚。在古時候，日本只有神社，佛教是後來才從中國傳入的。首都中央政府決定引入佛教的同時，將全國各地的寺廟與神社融合在一起創造了一種稱為“神佛習合”的信仰。神宮寺內保留的就是這樣一個變革期的信仰。
正殿旁有一處不斷湧出聖水。神聖的祭祀活動“送水”就是使用這裡的水進行的。取一些聖水，進行舔紅土、護摩壇點火等儀式之後運到鵜瀬，將聖水倒入鵜瀬的河裡。河的邊緣有一條通往奈良的地下水道，最終將到達東大寺的一個名為“若狹井”的井裡湧出的。在接到這個“送水”的聖水之後，在東大寺舉行“取水”儀式。持續了1300年的這個儀式，是為了保佑國家免受災難，祈盼五穀豐登的重要祭祀活動。
那麼，為什麼要用若狹的水呢？這裡有這樣的一個神話。東大寺的大佛建成後舉行了一次會議，屆時來自全國各地的神明都將聚集在一起。然而，遠敷明神因為釣魚卻遲到了一會兒。他不是有意遲到的，作為食物之神，釣魚不是一種愛好而是必須做的工作。當遠敷明神到達東大寺時，會議已經開始，但被當時莊嚴的氛圍所感動的他答應不僅會送魚還會一起把水送過來。這時，一隻鸕鷀突然出現，打碎了一塊岩石。聖水立刻噴湧而出。
據說，向東大寺送水的儀式就是這樣開始的。當時正值建造東大寺，因此執政者決定以佛教為中軸統一全日本。為了實現這個目標，必須將傳統的神明與新佛融合在一起。變革期的神宮寺，也許正處於這個政策的最前沿。