Le Sanctuaire de Matsumoto et son enceinte paisible sont dédiés à la famille Toda, seigneurs du château de Matsumoto. Pendant l’ère Showa, Wakamiya Hachimangu, un autre sanctuaire installé jusque-là dans le château, fut déplacé ici. Wakamiya Hachimangu était dédié au seigneur du château de Fukashi, le prédécesseur du château de Matsumoto.
Parmi les divinités qui résident dans ce sanctuaire se trouve la princesse Masu, une sœur adoptive d’Ieyasu Tokugawa et l’une des femmes de Yasunaga Toda, seigneur de Matsumoto.
Ce mariage illustre les liens forts qui existaient entre les familles Tokugawa et Toda, cette dernière étant la première à se voir accorder le droit d’utiliser l’emblème des Tokugawa, la triple rose trémière, ce qui explique sa présence dans le Sanctuaire de Matsumoto.