坐落於保津川畔的御庭神社，是為了整合曾經散佈於仙巖園內的多個神社而建。
自江戶時代起，稻荷社、八幡社等神社供奉於仙巖園內。然而，1871年（明治4年）廢藩置縣後，許多神社從舊鹿兒島城及島津家別墅遷出，神社建築分散於園內各處。
這種情況逐漸影響了祭祀儀式的進行，因此在1918年（大正7年），島津家第30代當主島津忠重，在原八幡神社舊址上興建了新的神社，將各神社整合為一體。這就是如今的御庭神社。
此後，御庭神社一直被奉為守護仙巖園的神社，每年3月15日和11月15日都會在此舉行祭典活動。
此外，在社殿附近的通道旁還立有刻著“八幡道”“稻荷道”的標柱，至今仍傳達著昔日園內各處分散供奉的神社遺迹。