从客殿走至廊下，顺路前进就到了宸殿。宸殿是门迹寺院特有的建筑，是寺内建筑规格最高的建筑，即使在现在也是举办最重要的法事御忏法讲的地方。
御忏法讲就是历代的天皇陛下，皇后以及门主的回向（一边回顾别人的善行一边悟出自己的方向）来稳固国家安泰的仪式。有着以此反省自己的恶行，并清楚心里的愤怒和愚笨的意义。进行过这个仪式的白河上皇认为要统治国家的人必须要清净内心。在宫中举办了此仪式，成了适合统治国家的人。
御忏法讲是由三代座主，慈觉大师円仁从中国引进而开始的。与雅乐类似，和音乐声相结合的声明法要一直传到了现代。旋律十分优美听的人心情舒畅。
举办御忏法讲的宸殿，是仿照京都御所的紫宸殿（天皇陛下执行任务和办公的御殿）于大正15年建造。深处有三千院的本尊秘佛药师琉璃光如来，大堂左边放置有历代门迹的牌位。
药师琉璃光如来是引导现世活着的人们，救人于苦难之中的佛祖。相对来说，分担了与后面介绍的救济人去往来世的阿弥陀如来的任务。现世和来世，彼此的守护范围有所区别。
想特别说明的是，大堂的正面玄关下写有“三千院”的匾额。这是江户时代前期在位的灵元天皇亲笔书写，这也是三千院被称为“三千院”的契机了。
看过匾额之后再向后可以看见长满青苔的庭院，虽然很想立刻走进去，但还是稍微忍一下去宸殿的深处一探究竟吧。