“三千院”這個名字起於明治以後，許多人聽到了都會感到震驚。三千院是西曆860年從一個小庵（小屋子一樣的建築）起源，以“円融房”的稱呼被廣泛知曉。
円融房（三千院）在歷史上經歷好幾次搬遷，追溯它移動過的地方可以列舉出比睿山山麓的“阪本”和京都市市內的“紫野（現在的船岡山）”。
隨著搬遷，円融房的名字也經歷了“梨本房”，“円德院”，“加持井”和“梶井門跡”幾次變化，直到進入明治時代才改名為現在所熟識的三千院。
這次改名的契機就是明治政府所施行的“廢佛毀經”。德川幕府下臺，明治政府成為日本新的統治者，天皇陛下作為國家的象徵其影響力也隨之高漲。因此神道作為天皇的後盾而被保護，佛教反而因為寺廟的財產和土地被徵收而受到打壓。
結果，明治時代之初各種寺廟都受到了打壓，大量的經典和佛像都被破壞。三千院在京都市內的領地也被沒收，一直用到明治時代的“梶井門跡”之名也不再使用了。
梶井門跡（後來的三千院）的僧侶們十分為難。一直以來的名字被禁止了，就必須要給寺院起個新名字。為此十分煩惱的僧侶們最終從梶井門跡裡的藥師堂上掛著的匾額上的刻字中收到啟發，取了“三千院”這一名字。
三千這個詞來自于天臺宗的“一念三千”的教誨，意為“人心所動，每一個瞬間都有三千世界（=世界的全部）存在”。
簡單來說就是“我們雖然住在同一個世界裡，但是每個人看到的世界都不一樣。因此，每個人的心裡都有一個不一樣的世界存在。歸根到底，觀察每個人用來認識世界的內心的細小波動，甚至能分出三千個世界。”
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因為我們生活至今的經驗各不相同，所以即使是同樣的新聞也會產生不同的解釋。我們對經驗過的事物進行解釋，再依據這個解釋去行動。人根據五感的信號輸入來對經驗進行解釋，每個人的五感也是有細微差異的。天臺佛教就是將這些解釋和五感之類的內心波動進行細分，從而得出了三千世界的說法。
靈元天皇親筆書寫了“三千院”並做成匾額，而掛了這個匾額的大堂好像就被叫做三千院。於是三千院移到了大原之後，就成了現在的名字。