從客殿走至廊下，順路前進就到了宸殿。宸殿是門跡寺院特有的建築，是寺內建築規格最高的建築，即使在現在也是舉辦最重要的法事禦懺法講的地方。
禦懺法講就是歷代的天皇陛下，皇后以及門主的回向（一邊回顧別人的善行一邊悟出自己的方向）來穩固國家安泰的儀式。有著以此反省自己的惡行，並清楚心裡的憤怒和愚笨的意義。進行過這個儀式的白河上皇認為要統治國家的人必須要清淨內心。在宮中舉辦了此儀式，成了適合統治國家的人。
禦懺法講是由三代座主，慈覺大師円仁從中國引進而開始的。與雅樂類似，和音樂聲相結合的聲明法要一直傳到了現代。旋律十分優美聽的人心情舒暢。
舉辦禦懺法講的宸殿，是仿照京都禦所的紫宸殿（天皇陛下執行任務和辦公的禦殿）於大正15年建造。深處有三千院的本尊秘佛藥師琉璃光如來，大堂左邊放置有歷代門跡的牌位。
藥師琉璃光如來是引導現世活著的人們，救人於苦難之中的佛祖。相對來說，分擔了與後面介紹的救濟人去往來世的阿彌陀如來的任務。現世和來世，彼此的守護範圍有所區別。
想特別說明的是，大堂的正面玄關下寫有“三千院”的匾額。這是江戶時代前期在位的靈元天皇親筆書寫，這也是三千院被稱為“三千院”的契機了。
看過匾額之後再向後可以看見長滿青苔的庭院，雖然很想立刻走進去，但還是稍微忍一下去宸殿的深處一探究竟吧。