伦敦时代，熊楠认识了孙文·孙中山先生。众所周知，孙中山先生不仅是推翻了清朝建立了中华民国的革命家，同时也是一位杰出的政治家。他在第一次共和革命失败后流亡伦敦。1897年3月16日，熊楠与孙文在伦敦相遇。意气相投的两个人在结交之后的每一天都聚在一起畅谈并交流学术上的见解。这样的日子一直延续到了孙中山离开伦敦的6月30日。

让我们看看熊楠的日记本吧。这里写着孙中山先生的签名。这是中山先生离开伦敦时写给熊楠的“海外逢知音”五个字。此文中包含了 “在这个世界上只有我们两个，共同达到至高境界的人相互认同”的意思。同时，孙中山先生又赠给熊楠两本书。其中一本《原君原臣》是中山先生亲手制作的小册子，仅存于南方熊楠纪念馆的实物是世界上唯一的一本珍品。

与中山先生分别3年后的明治33年（1900年）10月16日，没有资金来源的熊楠不得不返回故乡和歌山。这时，熊楠33岁。父母在留学期间去世，到神户港迎接他的只有弟弟常楠一个人。耗费巨额留学资金的熊楠，回国时身上只裹着一件像蚊帐一样破破烂烂的衣服，没有任何学位，只带回了大量的标本和书籍。

当时，逃亡到日本横滨的孙中山知道了熊楠的归国信息。在几封信件交流后，孙中山为了见熊楠不远千里来到了和歌山。而这次，只是为了两天的再次相见。此后虽然孙中山再次逃亡到了日本,不过没能实现第3次见面。

听到孙中山先生死讯的熊楠，感叹到：
“人与人的交往也有季节”。