“我心中的余烬，硕学研磨出凹槽的一块小砚” ---加藤知多雄

这是看到熊楠使用的砚台后写的诗歌。昭和16年（1941年）12月29日，熊楠留下《砚盒》等几件遗物、庞大的标本和书籍离开了人世。享年74岁。临走的那天，熊楠说出了这样的话：

“天花板上开满了紫色的花，实在让人心情舒畅。我求你，今天千万不要请医生来。医生一来，天花板上的花就会消失”

按照熊楠生前的嘱托 “解剖大脑”，他的大脑被取出保存在大阪大学医学部。据说他的侧头叶深处的海马是萎缩的，难道这就是熊楠成为疯狂的天才的原因吗？

后来民俗学者柳田国男说，熊楠是日本人的可能性的极限。

“对于为国家复兴的伟大梦想并还在继续努力的人们来说，南方熊楠是重要的现象。也是一个事件。这是无法忘记的事实。”