“我心中的餘燼，碩學研磨出凹槽的一塊小硯” ---加藤知多雄

這是看到熊楠使用的硯臺後寫的詩歌。昭和16年（1941年）12月29日，熊楠留下《硯盒》等幾件遺物、龐大的標本和書籍離開了人世。享年74歲。臨走的那天，熊楠說出了這樣的話：

“天花板上開滿了紫色的花，實在讓人心情舒暢。我求你，今天千萬不要請醫生來。醫生一來，天花板上的花就會消失”

按照熊楠生前的囑託 “解剖大腦”，他的大腦被取出保存在大阪大學醫學部。據說他的側頭葉深處的海馬是萎縮的，難道這就是熊楠成為瘋狂的天才的原因嗎？

後來民俗學者柳田國男說，熊楠是日本人的可能性的極限。

“對於為國家復興的偉大夢想並還在繼續努力的人們來說，南方熊楠是重要的現象。也是一個事件。這是無法忘記的事實。”