在德川家康进入江户城时，有一个名叫内藤清成的家臣做为铁炮队的先锋立了大功。他因为当时的功绩，被奖赏“只要马能跑到的地方，那里的地都是你的”。这种破格的赠与，在当时是不可想象的。
传说内藤立刻就身骑上白马启程上路。现在的日本东至四谷，西至代代木，南到千驮谷，北到大久保，将现在的新宿御苑所在地完全收容的土地都成为了他的囊中之物。不久内藤就在玉藻池建起了私人豪宅居住。这就是这片土地的由来。新宿御苑是当时内藤家的花园。
随后，从此至甲州（山梨县）的道路得以修整，作为新住宅区的“内藤新宿”开始慢慢变得热闹。这也是“新宿”的名字的由来。
到了明治维新时代，内藤家的土地被退还给了政府。当时的日本，推进富国强兵和振兴农业。日本也在追求现代化进展的需求下，这里就变成了研究蔬菜和树木的研究所“内藤新宿实验地”。当时的实验多为研究西洋来的新植物物种是否能在日本的土地上种植。
在此之后，该研究所被转移到三田，这里作为皇家御花园改称为御苑。为了招待宾客，举行国事，庭园又得修整。英式风景庭园，法式整形庭园，日式庭园，三个庭园的原型逐渐成型。据说当时配备9洞式高尔夫球场和网球场，甚至连会馆（原公馆）都设置在内。
进入昭和时代，台湾馆（前身为御凉亭）为纪念昭和天皇的婚姻而建造。然而，战争开始后日本粮食短缺。花园变为由士兵耕种，成了种植小麦和马铃薯等粮食的田地。然而在1945年，园林的建造在空隙中几乎全毁。
战争结束后，新宿御苑作为国民公用的公园正式向公众开放。御苑建立了“母子森林”和“新宿御苑大温室”，整个园区成为了可以亲近自然并坐落在城市中心的植物教室。
了解了这些历史，是不是看到了不同的新宿御苑风景了呢。