在德川家康進入江戶城時，有一個名叫內藤清成的家臣做為鐵炮隊的先鋒立了大功。他因為當時的功績，被獎賞“只要馬能跑到的地方，那裡的地都是你的”。這種破格的贈與，在當時是不可想像的。
傳說內藤立刻就身騎上白馬啟程上路。現在的日本東至四穀，西至代代木，南到千馱穀，北到大久保，將現在的新宿御苑所在地完全收容的土地都成為了他的囊中之物。不久內藤就在玉藻池建起了私人豪宅居住。這就是這片土地的由來。新宿御苑是當時內藤家的花園。
隨後，從此至甲州（山梨縣）的道路得以修整，作為新住宅區的“內藤新宿”開始慢慢變得熱鬧。這也是“新宿”的名字的由來。
到了明治維新時代，內藤家的土地被退還給了政府。當時的日本，推進富國強兵和振興農業。日本也在追求現代化進展的需求下，這裡就變成了研究蔬菜和樹木的研究所“內藤新宿實驗地”。當時的實驗多為研究西洋來的新植物物種是否能在日本的土地上種植。
在此之後，該研究所被轉移到三田，這裡作為皇家御花園改稱為御苑。為了招待賓客，舉行國事，庭園又得修整。英式風景庭園，法式整形庭園，日式庭園，三個庭園的原型逐漸成型。據說當時配備9洞式高爾夫球場和網球場，甚至連會館（原公館）都設置在內。
進入昭和時代，臺灣館（前身為禦涼亭）為紀念昭和天皇的婚姻而建造。然而，戰爭開始後日本糧食短缺。花園變為由士兵耕種，成了種植小麥和馬鈴薯等糧食的田地。然而在1945年，園林的建造在空隙中幾乎全毀。
戰爭結束後，新宿御苑作為國民公用的公園正式向公眾開放。御苑建立了“母子森林”和“新宿御苑大溫室”，整個園區成為了可以親近自然並坐落在城市中心的植物教室。
瞭解了這些歷史，是不是看到了不同的新宿御苑風景了呢。