早在信仰誕生於戶隠之前的五百萬年前，這一帶曾是汪洋大海。周邊地區挖出來的化石能為此作證。這一帶發現了如扇貝、鮑魚、大白鯊和鯨魚等許多海洋生物的化石。
從古人的視角來看的話，在群山環繞的戶隠找到海洋生物的化石這件事，肯定超乎了他們的想像。古人認為，這些不可思議的東西就是傳說中的一些生物的部分軀體。例如，被稱為“天狗爪”的東西，其實是鯊魚牙齒的化石，而被稱為“龍骨”的是很久以前就滅絕的大象的化石。
其中，“龍骨”被古人們認為，刮掉一些粉末入藥的話具有神奇的功效。戶隱神社的中社的珍寶館裡有一件名為“牙笏”的藏品。它是由象牙製成的覲見皇上時候用的手板，但底部卻被刮掉了一部分呈橢圓形。這是因為，當時的人們認為，手板是用中藥藥材製作而成的，因此掛掉了一部分。也許，這種想法也可以說是一種信仰！
