穿过大门，能看到一个和尚和一个孩子对视的雕像。这是关于这座寺院的，一个父亲和儿子的故事。
感到这个世界的无常，父亲离开了他正在怀孕的妻子，一个人来到高野山出家修行。之后，妻子一个人生下了一个男孩，并给他取名叫石童丸。茁壮成长的石童丸，有一天跟着母亲进山去见他的父亲。然而，高野山是禁止女性进入的。石童丸把母亲留在了山脚下，独自一个上山去找从没见过面的父亲。
“你是我的父亲吗？”。石童丸一路问每一个修行僧寻找着父亲。父亲，一眼就认出了石童丸是他的儿子。然而，作为一个抛弃了家室的他，不能承认自己就是父亲。“你父亲已经死了”。父亲忍住眼泪对儿子说了谎，默默地目送非常失望的儿子下山。
从高野山下山后的石童丸，却遭遇了更多的不幸。因长途跋涉，身心疲惫的母亲也离开了他。失去了所有依靠的石童丸也决定出家修行。这时，脑海中浮现的是，告诉他的父亲死了的那位修行僧。就这样，在没有透露父子关系的情况下，他们命运般地成为了师徒。
多年后的一天，父亲做了一个梦。善光寺的阿弥陀佛叫他来一趟。父亲虽然觉得很不可思议，却立即前往善光寺参拜。通过每天的参拜，父亲觉察到了他的内心变得越来越诚实。开始认为，在这里修行也许能够遵从自己的内心。他决定，如果石童丸来看他，会告诉他自己就是父亲。父亲悟到了阿弥陀佛感召他来到这里，就是为了让自己明白这个道理。
父亲满怀期待继续在寺院修行。事与愿违，石童丸在高野山进行修行时父亲不幸离世。石童丸是通过梦境里的阿弥陀佛，知道的父亲的死讯。悲痛万分的石童丸，在参拜善光寺后，在离善光寺不远的西光寺为父亲建了墓。
石童丸、父亲、母亲三人在他们活着的时候，没能在一起一家人，如今终于可以在这里团聚了。在善光寺大地震中父亲的墓被摧毁。据说，父亲的墓，跟石童丸的一样，曾是九重塔结构。
