善光寺，是由大本愿和大劝进两个不同教派的寺院运营。大本愿是，善光寺成立之初就有的寺院，每一任住持都是由贵族出身的女性担任。在根深蒂固的禁止女性的佛教中，女性担任重要的角色实属罕见。
大本愿的历任住持，延续了120多代。如今的令和时代的天皇是第126代。由此可见，这里的历史有多么悠长。到目前为止，在许多出色的住持中，最引人注目的是明治初期的住持。在日本，直到江户时代，神和佛一直被尊为一体。后来，明治政府为了加强神教的权威，将神与佛分离。政府的这个政策，引发了后来的镇压佛教的运动。寺院和佛像被摧毁，而僧侣们也失去了栖身之处。其中，出身贵族的人收到了“回归皇室令”。这是让出家成为和尚的人们，重新返回皇室的命令。
当时的大本愿的住持，也收到了这个命令。但她并没有屈服。当时，住持说的话仍然流传至今：
“虽然用剃刀剃掉的头发会长起来，但一旦剃除的凡心是无法挽回的。即使穿的衣服可以脱掉，而我心中的衣裳是脱不掉的！”
把佛教作为精神寄托的普通百姓也开始奋起抗争，镇压运动很快就得到了终结。如暴风雨般艰难的时代，在住持坚定的信念和顽强的抗争下，大本愿和善光寺才得以存续至今。