善光寺，是由大本願和大勸進兩個不同教派的寺院運營。大本願是，善光寺成立之初就有的寺院，每一任住持都是由貴族出身的女性擔任。在根深蒂固的禁止女性的佛教中，女性擔任重要的角色實屬罕見。
大本願的歷任住持，延續了120多代。如今的令和時代的天皇是第126代。由此可見，這裡的歷史有多麼悠長。到目前為止，在許多出色的住持中，最引人注目的是明治初期的住持。在日本，直到江戶時代，神和佛一直被尊為一體。後來，明治政府為了加強神教的權威，將神與佛分離。政府的這個政策，引發了後來的鎮壓佛教的運動。寺院和佛像被摧毀，而僧侶們也失去了棲身之處。其中，出身貴族的人收到了“回歸皇室令”。這是讓出家成為和尚的人們，重新返回皇室的命令。
當時的大本願的住持，也收到了這個命令。但她並沒有屈服。當時，住持說的話仍然流傳至今：
“雖然用剃刀剃掉的頭髮會長起來，但一旦剃除的凡心是無法挽回的。即使穿的衣服可以脫掉，而我心中的衣裳是脫不掉的！”
把佛教作為精神寄託的普通百姓也開始奮起抗爭，鎮壓運動很快就得到了終結。如暴風雨般艱難的時代，在住持堅定的信念和頑強的抗爭下，大本願和善光寺才得以存續至今。