“三千院”这个名字起于明治以后，许多人听到了都会感到震惊。三千院是西历860年从一个小庵（小屋子一样的建筑）起源，以“円融房”的称呼被广泛知晓。
円融房（三千院）在历史上经历好几次搬迁，追溯它移动过的地方可以列举出比睿山山麓的“坂本”和京都市市内的“紫野（现在的船冈山）”。
随着搬迁，円融房的名字也经历了“梨本房”，“円德院”，“加持井”和“梶井门迹”几次变化，直到进入明治时代才改名为现在所熟识的三千院。
这次改名的契机就是明治政府所施行的“废佛毁经”。德川幕府下台，明治政府成为日本新的统治者，天皇陛下作为国家的象征其影响力也随之高涨。因此神道作为天皇的后盾而被保护，佛教反而因为寺庙的财产和土地被征收而受到打压。
结果，明治时代之初各种寺庙都受到了打压，大量的经典和佛像都被破坏。三千院在京都市内的领地也被没收，一直用到明治时代的“梶井门迹”之名也不再使用了。
梶井门迹（后来的三千院）的僧侣们十分为难。一直以来的名字被禁止了，就必须要给寺院起个新名字。为此十分烦恼的僧侣们最终从梶井门迹里的药师堂上挂着的匾额上的刻字中收到启发，取了“三千院”这一名字。
三千这个词来自于天台宗的“一念三千”的教诲，意为“人心所动，每一个瞬间都有三千世界（=世界的全部）存在”。
简单来说就是“我们虽然住在同一个世界里，但是每个人看到的世界都不一样。因此，每个人的心里都有一个不一样的世界存在。归根到底，观察每个人用来认识世界的内心的细小波动，甚至能分出三千个世界。”
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因为我们生活至今的经验各不相同，所以即使是同样的新闻也会产生不同的解释。我们对经验过的事物进行解释，再依据这个解释去行动。人根据五感的信号输入来对经验进行解释，每个人的五感也是有细微差异的。天台佛教就是将这些解释和五感之类的内心波动进行细分，从而得出了三千世界的说法。
灵元天皇亲笔书写了“三千院”并做成匾额，而挂了这个匾额的大堂好像就被叫做三千院。于是三千院移到了大原之后，就成了现在的名字。