昭和天皇以生物学为爱好，在赤坂离宫内设置了生物学御研究所。据说在离宫中发现了约10种粘菌，因此加深了进一步学习的兴趣。大正15年（1926年）2月，摄政宫的生物学研究者·服部广太郎博士向熊楠的弟子·小畔四郎提出了“想参观粘菌标本集”的请求。小畔委托熊楠来选定一些标本。经过10个月的整理，熊楠将90件标本进献给了当时身为皇太子摄政宫的昭和天皇。

熊楠的名字给摄政宫留下了深刻的印象。在昭和天皇纪南巡守之际，熊楠被指定为天皇敬献敬讲。无位无冠的研究者为天皇讲课是极为破例的事情。在展示的海军加藤宽治的来信中也写到，天皇想必比自己更了解熊楠，御驾亲临的目的是为了神岛以及熊楠。熊楠当时想必也是感慨万分吧。

昭和4年（1929年）6月1日，天皇乘坐的战舰“长门”驶进了田边湾。62岁的熊楠，穿上了重新改好的长年爱穿的大衣，乘渔船去了神岛。天皇一看到熊楠就脱下帽子低头行礼。熊楠也深深地低下了头行礼。于是，天皇也再次鞠躬，据说这个仪式持续了好一会儿。

天皇为了采集粘菌，登上了神岛的山顶。而腿部受伤的熊楠很遗憾，没能随从天皇登顶。据说下了山的天皇遗憾地说了一句「有被砍伐的痕迹啊」。其实，这是对于粘菌一无所知的官员们为了天皇登山，提前进行的森林砍伐。而粘菌喜欢的倒木在这次行动中全部被砍伐，导致此次的采集没能得到任何收获。

下山后，在战舰中熊楠敬献了敬讲。很快就到了规定的25分钟，不过天皇示意“就这样继续讲下去”。讲课的时候，熊楠将田边湾的生物标本放进了奶糖的纸箱里带了进去。通常，有这样的好机会，都会把标本放到高级的桐木箱子里展示。不过，天皇觉得这种做法很有趣，就对熊楠说了一句“这样很好！”。

在讲课中，熊楠最先讲解了《Uga的标本》。是当地渔民信仰的传说中的鱼。据说，它像蛇一样细长，有着红白花纹，非常美。尾巴分成三个，戴着念珠一样的珠子游泳……但是很少有人能看见它。因为即使万一被渔夫发现了，也会马上剪掉尾巴作为祈求大渔丰收的愿望供奉给船灵。后来把实物鱼拿到熊楠家的渔夫家族，一定知道熊楠喜欢珍奇的东西。观察了实物后，熊楠发现所谓的Uga，是长吻海蛇的尾巴上附着叫处女海螺的甲壳类生物的缘故。 熊楠推测，在海螺上不小心挂上的几根海藻，打捞上来的时候尾巴看上去好象分成了3段。

在敬讲的一年后，为了纪念此次巡守，神岛上立了刻有熊楠的和歌的石碑。
书法也是熊楠本人的字迹。以繁茂树林做为脊背，正是建在当年天皇上陆的地方。

这里歌颂着对岛屿自然的自豪感和对天皇的敬爱。在前言中介绍的昭和天皇御制的诗歌，是在33年后的熊楠死后写的。

“雨中眺望神岛 想起纪伊国的熊楠”

两座碑立在神岛和番所山上，仿佛在相互呼应一般。