忍者的起源，据说来自山岳地带进行修炼的修验者。在户隐，有一个叫户隐流忍法的，传承至今的具有代表性的忍术流派。在户隐流忍法资料馆展出的是，关于忍者的起源以及武器。
有一种理论认为，忍术之所以能在户隐得到发展，是因为受到了江户幕府的德川家族的保护。户隐的南面，就是由真田家统治的松代藩。虽然是在和平的江户时代，但作为在过去的战争中曾多次遭受过真田家族挑战的德川家来说，真田家族的存在很让人忌惮。因此，赋予了离松有适当距离的户隐的忍者来监视真田家族动向的任务。
加上，户隐的东侧有一条叫北国街道主干道。加贺百万石的前田家族在参勤交代时都会通过这条道，从佐渡金山运出来的金子也会走这条道，是当时的幕府无法轻视的重要干道。这些因素，也是户隐忍者在这个地带得以活跃的理由。