忍者的起源，據說來自山嶽地帶進行修煉的修驗者。在戶隱，有一個叫戶隱流忍法的，傳承至今的具有代表性的忍術流派。在戶隱流忍法資料館展出的是，關於忍者的起源以及武器。
有一種理論認為，忍術之所以能在戶隱得到發展，是因為受到了江戶幕府的德川家族的保護。戶隱的南面，就是由真田家統治的松代藩。雖然是在和平的江戶時代，但作為在過去的戰爭中曾多次遭受過真田家族挑戰的德川家來說，真田家族的存在很讓人忌憚。因此，賦予了離松有適當距離的戶隱的忍者來監視真田家族動向的任務。
加上，戶隱的東側有一條叫北國街道主幹道。加賀百萬石的前田家族在參勤交代時都會通過這條道，從佐渡金山運出來的金子也會走這條道，是當時的幕府無法輕視的重要幹道。這些因素，也是戶隱忍者在這個地帶得以活躍的理由。